Der Gründer des Klosters und sein späterer langjähriger Prior war der Heilige Rafał Kalinowski. In den Jahren 1897 bis 1899 wurden der Südflügel des Klosters und eine dreischiffige neuromanische Kirche aus Backstein mit einem vierjochigen Kirchenschiff errichtet. Die Fassade der Kirche ist schlicht. Das halbrunde Portal wird von einem Tympanon mit dem Wappen der Karmeliter und einer Rosette gekrönt. Über der Vorhalle ruht eine von Arkaden getragene Chorempore. In der Zwischenkriegszeit wurde das Gebäude des Klosters und des Priesterseminars ausgebaut, in den Jahren 1934 bis 1936 wurde ein Gymnasium gebaut und der Westflügel aufgestockt. 1892 brachten die Karmeliten das Bild des Heiligen Josef, des Bräutigams der Heiligsten Jungfrau Maria, hierhin, das im Altar des provisorischen Klostergebäudes, dem s.g. Foltyn-Haus, aufgestellt wurde. Nach dem Bau des Klosters Na Górce wurde im Hauptaltar ein neues Gemälde des Heiligen Josef – ein Werk des tschechischen Malers František Bergman, ausgestellt.

2004 wurde am Finger des Heiligen auf dem Bild der vom Johannes Paul II. geschenkte Fischerring angebracht, der zu päpstlichen Insignien gehört. Gleichzeitig wurde die Kirche in den Rang eines Sanktuariums erhoben. Hier werden auch die Reliquien des Heiligen Rafał Kalinowski aufbewahrt. Man kann seine Zelle, in der er lebte und starb, besuchen und sich die Erinnerungsstücke an ihn anschauen. Mit dem Kloster sind auch der selige Alfons Maria Mazurek und die Gottesdiener – Kunegunda Siwiec, Anzelm Gądek und Rudolf Warzecha verbunden.

Nach seiner ersten Kommunion erhielt Karol Wojtyła in der hiesigen Kirche ein Skapulier, das nach dem Willen von Johannes Paul II. 2005 dem Kloster geschenkt wurde und in einem Reliquienschrein neben dem Altar zusammen mit den Reliquien des seligen Alfons Mazurek aufbewahrt wird.

Heute befinden sich die Wohnräume der Mönche im Südflügel des Klosters. Der Westflügel beherbergt die Küche und das Refektorium, einen Tagungssaal und die Bibliothek mit rund 20 Tsd. Bänden. Im Klosterpark steht eine Statue des Heiligen Josefs, die von einem Steinmetzmeister aus Wadowice um die Wende des 19. auf 20. Jahrhundert aus weißem Sandstein angefertigt wurde. In den 1970er Jahren wurde die Statue bemalt, um sie herum verläuft ein Prozessionsweg. Auf dem Kirchplatz steht eine Statue des Heiligen Rafał Kalinowski, die von dem Karmelitenmönch Kazimierz Szczecina in Stein gehauen wurde.