Die Kirchengemeinde Myślenice wird zum ersten Mal 1325 urkundlich erwähnt. Die Kirche der Geburt der Heiligen Jungfrau Maria wurde im 13. Jahrhundert an der Stelle errichtet, an der heute die Jakobskirche steht. Die im 15. Jahrhundert errichtete neue, gemauerte Kirche wurde 1457 von den rebellierten Soldaten zerstört, die Steine aus der Kirche zum Bau von Festungsmauern verwendeten. Die heutige einschiffige Kirche wurde 1465 erbaut. 1543 wurde sie um einen Turm erweitert, der in den Jahren 1900-1901 einen von Jan Sas-Zubrzycki entworfen neugotischen Aufbau erhielt. In den Jahren 1642 und 1646 wurde durch die Familie Koniecpolski die frühbarocke Kapelle der Muttergottes gestiftet, im 17. Jahrhundert errichtete man die Kapelle Herrn Jesu und im 19. Jahrhundert die Vorhallen.

Die Kapelle beherbergt ein als wundertätig geltendes Gemälde, das im 16. Jahrhundert in Italien von einem unbekannten Maler gemalt wurde. Das Bild, das sich im Besitz des Papstes Sixtus V. befand, wurde von Fürst Jerzy Zbaraski nach Polen gebracht. Während der Pestepidemie sollte das Gemälde im Palast der Familie Zbaraski verbrannt werden, wurde aber von einem Diener des Fürsten, der bei Myślenice lebte, versteckt, da er glaubte, dank Maria sein Augenlicht wiedererlangt zu haben. Kurze Zeit danach wurde das Gemälde in die Kirche von Myślenice verlegt, wo es zum Wallfahrtsziel wurde. Mit der Zeit hat der Kult um die Muttergottes von Myślenice nachgelassen, obwohl das Bild 1969 mit päpstlichen Kronen gekrönt wurde. Nach dem Vorbild des Gnadenbildes aus dem Sanktuarium von Myślenice wurde das Bild der Muttergottes vom Kalvarienberg aus Kalwaria Zebrzydowska gemalt.

Die wichtigsten Feierlichkeiten finden hier am 8. September statt, also am Fest der Geburt der Heiligsten Jungfrau Maria. Außerdem finden von Mai bis Oktober an jedem dreizehnten Tag des Monats Fatima-Nachtwachen statt.