Diese hinsichtlich der Religion und Kultur einzigartige Stätte wird jährlich von mehr als 1,5 Millionen Pilgern besucht. Alles begann zu Beginn des 17. Jahrhunderts. Einer Legende zufolge erblickte der Wojewode von Kraków Mikołaj Zebrzydowski eines Tages auf dem Hügel Żar drei Kreuze in Flammen, die in den Himmel stiegen. An dieser Stelle stiftete er 1602 eine kleine Kirche und übergab sie der Obhut des Bernhardinerordens. Mit der Zeit wurde die Anlage auf Bestreben der Adelsfamilie Zebrzydowski ausgebaut. Es wurde eine barocke Kirche errichtet, in der das Gnadenbild der Muttergottes von Kalwaria aufbewahrt wird, später ein Bernhardinerkloster. Beide Gebäude wurden nach Entwurf des Architekten Giovanni Maria Bernardoni und des flämischen Architekten und Goldschmiedes Paul Baudarth errichtet. Von dem letzteren stammen auch fast alle Kapellen am Kalvarienberg-Kreuzweg, die sog. Kalvarienwege. So auch die Einsiedelei der Fünf Polnischen Brüder und die Kapelle der hl. Maria Magdalena. Das Vorbild für ihren Bau war der Kreuzweg Jesu in Jerusalem.

Die barocke Basilika beherbergt das wundertätige Gnadenbild der Muttergottes vom Kalvarienberg, das 1641 dem Sanktuarium geschenkt wurde. In der Karwoche werden hier Passionsspiele aufgeführt, die am Karfreitag ihren Höhepunkt erreichen und Abertausende von Pilgern in das Sanktuarium in Kalwaria Zebrzydowska ziehen.

1979 besuchte hl. Johannes Paul II. das Sanktuarium und erhob es in den Rang einer Basilika minor. Der Papst besuchte den Ort oft noch vor seiner Priesterweihe, und auch später als Bischof von Kraków. Es gehört zu den wichtigsten polnischen Sanktuarien und wurde 1999 in die Liste des UNESCO-Weltkultur- und Naturerbes aufgenommen.