1896 arbeitete Stanisław Wyspiański an den Wandmalereien in der Kirche der Franziskaner. Sein Werk sind die Malereien, die die Wände des Chorraums, des Querschiffs, eines Teils des Kirchenschiffs und der Westfassade schmücken. Sie werden von Motiven wie Feldblumen, Kräuter und Sterne dominiert. Neben dem Altar malte der Künstler figurative Szenen. In den Jahren 1897 bis 1902 arbeitete Wyspiański an den Entwürfen für die bunten Glasfenster: „Der Heilige Franziskus“, „Die selige Salomea“, „Die Elemente“ und das berühmteste und eindrucksstärkste der Werke „Der Gottvater“.

In der Passionskapelle zelebrierte der spätere Papst Karol Wojtyła als Bischof und Kardinal oft privat den Kreuzweg. Heute beherbergt sie eine Kopie des Turiner Grabtuchs, die von Papst Johannes Paul II. gesegnet wurde, sowie einen Sarg mit den sterblichen Überresten der seligen Aniela Salawa, die von ihm selig gesprochen wurde. 

Die Kirche in ihrer heutigen Form ist ein gotischer Bau. Am Eingang der Kirche befindet sich eine sehenswerte Kapelle der seligen Salomea, die im 15. Jahrhundert erbaut und im 17. Jahrhundert umgebaut wurde. Auf dem Altar steht ein Sarg mit den Reliquien der Seligen, und neben dem Altar ein Reliquienschrein mit den Gebeinen von Bolesław dem Schamhaften (dem Stifter der Kirche). Sowohl Bolesław der Schamhafte als auch seine Schwester – die selige Salomea, sind in dieser Kirche bestattet. Beim Besuch der Kirche sind die Gemälde mit den Kreuzwegstationen zu beachten, die vom Maler Józef Mehoffer – einem Künstler der Zeit des jungen Polens gemalt wurden.

Ein weiteres wichtiges Artefakt ist das Gemälde der Traurigen Muttergottes, der Wohltäterin, aus der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts, das in einer an die Kirche angebauten Kapelle ausgestellt ist. Im Kreuzgang des Klosters befindet sich außerdem eine berühmte Porträtgalerie der Krakauer Bischöfe.

Der Franziskanerkirche wurde als eine der ersten Kirchen in Kraków am 23. Februar 1920 in den Rang einer Basilika minor erhoben, die zugleich ein dreifaches Sanktuarium ist: das Sanktuarium der Traurigen Muttergottes der Wohltäterin, der seligen Salomea aus dem Geschlecht der Piasten und der seligen Aniela Salawa. Es lohnt sich zu erwähnen, dass die Kirche am Małopolska-Abschnitt des Jakobswegs von Sandomierz nach Tyniec liegt.