Der älteste Teil des Gebäudes stammt aus dem frühen 14. Jahrhundert. Das kleine, rechteckige, gemauerte Gebäude war mit der Stadtmauer und dem Seitentor (Brama Poboczna) verbunden, das von der Straße ul. Kanonicza zum Wawel-Hügel führte. Hier befand sich das königliche Badehaus, das später das Jagiello-Badehaus genannt wurde. Das Wasser dafür wurde aus dem Bach Rudawa entnommen, der entlang der heutigen Straße ul. Podzamcze floss.

1390 schenkte der König Władysław II. Jagiełło das Gebäude dem Haushofmeister der Königin – Krystyn von Ostrów, der es in eine Residenz umbauen ließ und ein Nachbarhaus sowie ein hinter der Stadtmauer gelegenes Küchengebäude damit verband. Der in die Bebauung integrierte Mauerabschnitt verlor seine Verteidigungsfunktion und wurde anschließend abgerissen; seine Überreste wurden unter dem heutigen Innenhof im Długosz-Haus freigelegt.

Ab 1413 gehörte das Gebäude den Krakauer Domherren und diente ihnen als Wohnhaus. Nach dem Umbau durch die Kanoniker Mikołaj Hinczowic von Kazimierz und Jan von Rudzica erhielt es den Namen Hińcza-Haus .

1450 wurde das Haus von Jan Długosz, dem polnischen Chronisten und Lehrer der Söhne des Königs Kasimir IV. Andreas, bewohnt, der 1454 mit seiner Erweiterung begann. Das Haus wurde aufgestockt und um zwei weitere zweigeschossige Flügel erweitert, so dass das gesamte Gebäude eine U-Form mit einem Innenhof bildete. Auf diese Weise entstand einer der ersten gotischen Stadtpaläste in Kraków. Hier schrieb Długosz seine Werke, darunter die berühmten „Annalen oder Chroniken des berühmten Königreichs Polen“. Möglicherweise unterrichtete er hier auch die Söhne des Königs Kasimir IV. Andreas. Długosz verstarb hier 1480 und das Haus wurde von anderen Kanonikern übernommen.

Beim nächsten Umbau im 16. Jahrhundert wurden Renaissance-Elemente hinzugefügt, wie Gesimse über den Fenstern und das Torportal, Gesimse, Fenstereinfassungen und die Wandmalereien in den Innenräumen. Der nächste Umbau im 18. Jahrhundert umfasste die Innenhofarkaden und das Dach.

1873 wurde ein Teil des Gebäudes vom Bildhauer Franciszek Wyspiański gemietet. Im Kutschenhaus mit Tonnengewölbe richtete er ein Atelier ein und baute zwei Räume im Stall zu Wohnungen um. Sein Sohn Stanisław, ein Dichter, Dramatiker und Maler, verbrachte hier seine Kindheit und Schulzeit.

Am Ende des 19. Jahrhunderts trat das Kapitel das Gebäude an die Kurie ab. 1900 wurde im hinteren Bereich der Anlage das Priesterseminar errichtet und das Długosz-Haus als Sitz der Kurie eingerichtet. Nach 1980 begann hier eine weitere Sanierung. Seit 1991 hat das Rektorat der Papst Johannes Paul II.-Universität hier seinen Sitz.

Das Długosz-Haus behielt trotz zahlreicher Umbauten seine mittelalterliche Form bei. Das aus Bruchstein und Ziegeln errichtete, zweigeschossige Gebäude mit Strebepfeilern weist einen u-förmigen Grundriss mit Innenhof auf. Es ist mit einem Satteldach und einem polnischen Walmdach eingedeckt, das mit floralen Malereien auf einem halbhohen Sims verziert ist. Die älteste Bausubstanz ist im Erdgeschoss und im Keller in der Ecke des Ostflügels erhalten. Als gotische Elemente sind an der Fassade an der Straße ul. Kanonicza zwei große gotische Fenster und darüber ein kleines Fenster aus dem 15. Jahrhundert erhalten geblieben. Zu den Elementen der Renaissance gehören die Friese über den Fenstern und ein Portal aus dem 16. Jahrhundert mit der Inschrift „Es gibt nichts Besseres am Menschen als die Vernunft“ sowie im Inneren Steindetails und ein Fries. Die späteren Arkaden im Hof und das in Stein gehauene Wappen am Tonnengewölbe im Flur sind ebenfalls erhalten geblieben. An der Fassade des Ostflügels befindet sich ein barockes, auf Tafelgemälde der Muttergottes mit dem Kind aus dem 17. oder dem 18. Jahrhundert.