Według podań sanktuarium męczeństwa świętego Stanisława, rozpoznawalne na równi z Wawelem czy Kościołem Mariackim – od prawie tysiąca lat miejsce pielgrzymek wiernych otaczających szczególnym kultem świętego Stanisława, a od przeszło wieku miejsce hołdu składanego świeckim (Panteon Narodowy).

Pierwszy, romański kościół świętego Michała Archanioła stanął tutaj w miejscu pogańskiego kultu już w XI wieku. Tu w 1079 roku, z rozkazu króla Bolesława Śmiałego zamordowano biskupa Stanisław ze Szczepanowa. Już w XII wieku jego szczątki, według legendy porąbane na kawałki i cudownie zrośnięte po śmierci, przeniesiono na Wawel. W XIII wieku biskupa Stanisława ogłoszono świętym i uznano za patrona Polski. W XIV wieku nową gotycką świątynię wzniósł Kazimierz III Wielki. Od 1472 roku pieczę nad nią sprawuje sprowadzony do Krakowa przez Jana Długosza zakon paulinów. Kościół zniszczony w czasie najazdu szwedzkiego zburzono do fundamentów, w jego miejsce w latach 1733–1751 wzniesiono barokowy, według projektu Antoniego Müntzera, zmienionych przez Antonio Solariego. W ołtarzu głównym kościoła znajduje się obraz Michała Archanioła z 1758 roku, dzieło Tadeusza Kuntzego. W ołtarzu świętego Stanisława umieszczono obraz świętego z XVII wieku i jego relikwię. W pobliżu kościoła znajduje się sadzawka świętego Stanisława zwaną Kropielnicą Polski, prawdopodobne miejsce pogańskich obrzędów. Jak mówi legenda, porzucono przy niej zamordowanego Stanisława. Na środku sadzawki, z barokową, kamienną obudową z XVII wieku, stoi posąg biskupa z XVIII wieku. W 750 rocznicę kanonizacji biskupa Stanisława  (1253 rok) papież Jan Paweł II podniósł kościół do rangi bazyliki mniejszej.

Najważniejsze święto o znaczeniu ogólnopolskim w sanktuarium to 8 maja, dzień procesji z relikwiami św. Stanisława z Wawelu na Skałkę gromadzącej rzesze wiernych i najwyższych dostojników Kościoła i Państwa. Kult biskupa Stanisława, świętego i męczennika Kościoła katolickiego rozpoczął się z chwilą przeniesienia jego relikwii na Wawel. To z niego wyrosła legenda o rozbiciu dzielnicowym Polski jako karze za świętokradcze zamordowanie sługi bożego głosząca, że Polska rozpadła się tak jak członki poćwiartowanego biskupa. Wierzono również, że za wstawiennictwem biskupa Stanisława tak jak zrosło się po śmierci jego ciało, tak samo powstanie z dzielnicowego rozbicia i zjednoczy się Polska. Okrzyknięto biskupa Stanisława patronem zjednoczenia, a niemal wszyscy polscy królowie, począwszy od Władysława I, byli koronowani klęcząc przed sarkofagiem świętego Stanisława w katedrze wawelskiej.

Bazylika jest też panteonem narodowym. W znajdującej się pod kościołem Krypcie Zasłużonych, projektu Teofila Żebrawskiego pochowano wielu zasłużonych Polaków. Szczątki Jana Długosza, którego w 1480 roku pochowano w katedrze wawelskiej, w 1792 roku przeniesiono na Skałkę, a w 1880 roku umieszczono w sarkofagu w krypcie. Leżą tu między innymi również: malarz i dramatopisarz Stanisław Wyspiański, poeta Czesław Miłosz, malarz Jacek Malczewski oraz muzyk i kompozytor Karol Szymanowski.