Najstarsza część budynku powstała na początku XIV wieku. Niewielki, murowany budynek na planie prostokąta łączył się z murem miejskim i Bramą Poboczną, prowadzącą z ulicy Kanoniczej na Wawel. Mieściła się w nim łaźnia królewska, później nazywana Łaźnią Jagiełły. Wodę do niej pobierano z Rudawa, która płynęła dzisiejszą ulicą Podzamcze.

W 1390 roku Władysław Jagiełło przekazał budynek ochmistrzowi dworu królowej Krystynowi z Ostrowa, który przebudowując go na rezydencję dołączył sąsiednią kamienicę i budynek kuchni znajdującej się za murem miejskim. Włączony do zabudowań fragment muru stracił funkcję obronną i został wyburzony, a jego pozostałości odnaleziono pod obecnym dziedzińcem Domu Długosza.

Od 1413 roku budynek należał do kanoników krakowskich i służył im za mieszkanie. Po przebudowie prowadzonej przez kanoników Mikołaja Hinczowica z Kazimierza i Jana z Rudzicy zyskał miano Domu Hińczy.

W 1450 roku w domu zamieszkał Jan Długosz, kronikarz polski, nauczyciel synów króla Kazimierza Jagiellończyka, który w 1454 roku rozpoczął jego rozbudowę. Dodano piętro oraz dwa piętrowe skrzydła tak, że cały obiekt tworzy podkowę z dziedzińcem. W ten sposób w Krakowie powstał jeden z pierwszych miejskich, gotyckich pałaców. Tu Długosz napisał swoje dzieła, między innymi Roczniki czyli kroniki sławnego Królestwa Polskiego. Być może uczył też synów Kazimierza Jagiellończyka. Długosz zmarł tu w 1480 roku, a dom objęli kolejni kanonicy.

W czasie przebudowy w XVI wieku wprowadzono renesansowe elementy, gzymsy nad oknami i portal bramy, oszkarpowanie, obramienia okien, malowidła we wnętrzach. Następna przebudowa w XVIII wieku objęła galerie na dziedzińcu i dach.

W 1873 roku część budynku wynajął rzeźbiarz Franciszek Wyspiański. W sklepionej beczkowo wozowni urządził pracownię, dwa pomieszczenia stajni przerobił na mieszkanie. Dzieciństwo i lata szkolne spędził tu jego syn Stanisław, poeta, dramaturg i malarz.

Pod koniec XIX wieku kapituła odstąpiła budynek kurii biskupiej. W 1900 roku na jego tyłach wzniesiono gmach Seminarium Duchownego, a Dom Długosza zaadaptowano na potrzeby kurii. Po 1980 roku rozpoczęto kolejny remont. Od 1991 roku ma tu siedzibę rektorat Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II.

Dom Długosza mimo licznych przebudów zachował średniowieczną formę. Wzniesiony z łamanego kamienia i cegły, oszkarpowany, piętrowy, tworzy podkowę z dziedzińcem. Kryją go dach siodłowy i dach polski ozdobiony roślinną polichromią na listwie w połowie wysokości. Najstarsze mury zachowały się na parterze i w piwnicy w narożniku skrzydła wschodniego. Elementy gotyckie wmurowane są w różnych miejscach, na elewacji od ulicy Kanoniczej zachowały się dwa duże gotyckie okna, a powyżej małe okienko z XV wieku. Renesansowe elementy to fryzy nadokienne i portal z XVI wieku z inskrypcją – Nic nie ma lepszego w człowieku ponad rozum, oraz we wnętrzu kamienne detale i fryz. Zachowały się późniejsze galerie na dziedzińcu oraz rzeźbiony herb na sklepieniu beczkowym w sieni. Na elewacji skrzydła wschodniego znajduje się malowany na desce barokowy obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem z XVII lub XVIII wieku.