Decyzją cesarza Józefa II Habsburga Podgórze uzyskało prawa miejskie, a następnie status wolnego miasta królewskiego w 1784 roku. W roku 1838 powstał pierwszy plan katastralny dla Podgórza, na którym zaznaczono zabudowania działki mieszczącej dziś Muzeum Podgórza. Z planu wynika, że oficyny zostały w tym czasie powiększone, a część nieruchomości zajmował sad i ogród. W połowie XIX wieku w budynku muzeum mieścił się szpital wojskowy. W drugiej połowie tego stulecia i w początkach XX wieku budynek pełnił funkcje wojskowe – na planie z 1870 roku zaznaczono tutaj magazyny artylerii, a w roku 1916 – warsztaty artyleryjskie.

W 1915 roku Podgórze połączyło się z Krakowem. Historię tego ciekawego miejsca opowiada Muzeum Podgórza. Zwiedzając je poznajemy ważne dla tej części miasta dzieje i postaci, które wpłynęły na jego tożsamość. Możemy przenieść się do czasów najdawniejszych, legendarnych, „odwiedzić” Królewskie Wolne Miasto Podgórze, a także poznać nieco bardziej współczesne dzieje. Oprócz eksponatów i opisów w muzeum przygotowano nagrane komentarze i relacje świadków. Można także obejrzeć ich filmowe wersje. Na miejscu dostępne są audioprzewodniki. Na dzieci czekają interaktywne zabawy, zagadki i ciekawostki związane z historią i tradycjami miejsca. Ci, którzy zdecydują się na wizytę w obiekcie, mają do wyboru wystawę stałą "Miasto pod kopcem Kraka", która mieści się w czterech salach zatytułowanych "Między Wisłą a górą św. Benedykta", "Królewskie Wolne Miasto Podgórze", "Ku wolności" oraz "Czas Podgórza". Ponadto w murach muzeum prezentowane są wystawy czasowe.

Muzeum Podgórza jest jednym z oddziałów Muzeum Historycznego Krakowa i powstało wspólnie z mieszkańcami tej dzielnicy.