Pierwszą siedzibą Muzeum Niepodległości był budynek obecnego Urzędu Miasta i Gminy Myślenice. Muzeum Regionalne Ziemi Myślenickiej otwarto tam w 1929 roku w ramach inicjatyw niepodległościowych czterech działaczy - Emila Kubali, Stefana Bałuka, Tadeusza Prusa-Wiśniowskiego i Marii Osobliwej. Niestety wybuch wojny zniszczył zebrane muzealia. W 1946 roku ogłoszono akcję zbierania pamiątek historii i kultury regionu, co zaowocowało rok później stworzeniem wystawy będącej podwaliną dzisiejszej ekspozycji. Po licznych "migracjach" wystawy w 1976 roku muzeum zyskało siedzibę w wyremontowanym Domu Greckim, czyli XVII-wiecznym zajeździe miejskim, z którego korzystali niegdyś kupcy ormiańscy zwani "Grekami".

W 2017 roku zmieniono nazwę muzeum na Muzeum Niepodległości w Myślenicach, a od 2021 roku nową siedzibą jest nowoczesny budynek przy ul. Traugutta 11. Dysponuje on bogatym zasobem cyfrowej technologii wystawienniczej. Filozofią muzeum jest dbanie o pamięć historyczną i tradycję poprzez przedmioty, pamiątki, edukację, spotkania i wystawy.

Na każdym piętrze budynku znajduje się inna wystawa stała. Na pierwszym piętrze wystawa "Historia Myślenic" opowiada o czasach najdawniejszych, a zwiedzający chronologicznie przebywa czasy aż po XIX wiek. Znajdą się tu wątki archeologiczne, historyczne, etnograficzne, czy szlacheckie. Na parterze zlokalizowana jest wystawa „Myśleniczan walka o Niepodległość”, czyli opowieść o ciężkich czasach wojennych i walce o wolność i niepodległość. Podkreślony jest też wątek lokalnej społeczności działającej ku chwale Ojczyzny. Wystawa „Myśleniczan walka o demokrację" znajdująca się na piętrze -1 opowiada o żołnierzach wyklętych, komunistycznej indoktrynacji oraz postępujących przemianach politycznych zwieńczonych obradami Okrągłego Stołu. Tematyka wystaw stałych dotyczy Polski dużej i małej, lokalnej. Tutaj można dowiedzieć się o wkładzie Myślenic w dziedzictwo kulturalne i historyczne kraju oraz udziale jej mieszkańców w odzyskaniu niepodległości, a także o bogatej przeszłości dziejowej regionu. W muzeum odbywają się także wystawy czasowe, spotkania i lekcje historii.