Zlokalizowana jest w początkowej części Doliny Będkowskiej; zaliczana do większych jaskiń jurajskich – długość jej korytarzy wynosi 306 metrów. Odkryto ją w 1848 roku. Podczas eksploatacji namuliska wydobyto z niej około 4000 kłów niedźwiedzia jaskiniowego; znaleziono tu także ślady pobytu człowieka. W jej wnętrzu można podziwiać efektowne nacieki, między innymi wodospad naciekowy z kropielnicą, ambony oraz olbrzymie kotły wirowe znajdujące się w stropie jaskini. Ciekawostką jest, że dzięki bytującym tu w ogromnej ilości nietoperzom wydobywano z niej niegdyś guano, czyli odchody ptasie, w ilościach przemysłowych a następnie wykorzystywano jako nawóz. Jaskinia Nietoperzowa dwa razy zagrała w filmach, pierwszy raz w 1995 roku, kiedy kręcono w niej "Legendę o świętym Mikołaju", a później jej wnętrze wykorzystał Jerzy Hoffman jako scenografię do filmu "Ogniem i mieczem".