W 1896 roku nad polichromią w kościele Ojców Franciszkanów pracował Stanisław Wyspiański. Jego autorstwa są malowidła zdobiące ściany prezbiterium, transeptu, początkowego fragmentu nawy głównej i zachodniej fasady. Dominują w nich motywy polnych kwiatów, ziół i gwiazd. Obok ołtarza artysta wykonał malowidła figuratywne. W 1897 i 1902 roku Wyspiański pracował nad projektami witraży: „święty Franciszek”, „Błogosławiona Salomea”, „Żywioły” oraz najsłynniejszym i najbardziej okazałym „Bóg Ojciec”.

W kaplicy Męki Pańskiej, przyszły papież, Karol Wojtyła jako biskup i kardynał często odprawiał prywatnie drogę krzyżową. Dziś znajduje się w niej kopia Całunu Turyńskiego, poświęcona przez Jana Pawła II, a także trumienka ze szczątkami beatyfikowanej przez niego błogosławionej Anieli Salawy. 

Kościół w obecnym kształcie to budowla gotycka. Przy wejściu do świątyni warto zobaczyć kaplicę błogosławionej Salomei, zbudowaną w XV, a przebudowaną w XVII wieku. Na ołtarzu stoi trumna z relikwiami błogosławionej, a obok ołtarza, relikwiarz z kośćmi Bolesława Wstydliwego (założyciela kościoła). Zarówno Bolesław Wstydliwy, jak i jego siostra błogosławiona Salomea są pochowani w tej świątyni. Zwiedzając kościół warto zwrócić uwagę na stacje Drogi Krzyżowej, których autorem jest Józef Mehoffer, malarz okresu Młodej Polski.

Kolejny ważny zabytek to obraz Matki Bożej Smętnej Dobrodziejki z pierwszej połowy XVI wieku, który można zobaczyć w kaplicy przylegającej do kościoła. Ponadto w krużgankach klasztoru znajduje się słynna galeria portretów biskupów krakowskich.

Kościół Franciszkanów, jako jeden z pierwszych w Krakowie, został wyróżniony 23 lutego 1920 roku tytułem bazyliki mniejszej, która stanowi potrójne sanktuarium: Matki Bożej Bolesnej Smętnej Dobrodziejki, błogosławionej Salomei Piastówny i błogosławionej Anieli Salawy. Warto dodać, że kościół znajduje się na trasie Małopolskiej Drogi świętego Jakuba z Sandomierza do Tyńca.