Pierwszy drewniany kościół świętych Mikołaja Biskupa i Marii Magdaleny powstał z fundacji Kazimierza II Sprawiedliwego w XI – XII wieku, a jego najstarsza wschodnia część (prezbiterium) nawet w X wieku i jest jednym z najcenniejszych romańskich zabytków w kraju oraz najstarszym obiektem sakralnym polskich Karpat. W 1957 roku odkryto w nim rzadkie polichromie z XII stulecia przedstawiającej sceny związane z dzieciństwem Chrystusa oraz postacie Michała i Gabriela (podobne polichromie z tego okresu znaleziono jeszcze zaledwie w trzech miejscach w Polsce). W XVII wieku w miejsce zniszczonego kościoła wzniesiono nowy z zachowaniem romańskiej wschodniej części (prezbiterium) zbudowanej z kamiennych ciosów. W kościele w bocznym ołtarzu umieszczono słynący łaskami i otaczany kultem obraz Macierzyństwa Najświętszej Maryi Panny. Dziś obraz Matki Bożej Dziekanowskiej znajduje się w sąsiednim dużym kościele – sanktuarium Macierzyństwa Najświętszej Maryi Panny zbudowanym  w latach 1960–1966 na stromym wzgórzu nad Rabą, do którego przeniesiono co tylko było można ze starego zabytkowego kościoła (oprócz wizerunku Matki Bożej Dziekanowskiej, między innymi organy rokokowe czterogłosowe z 1741 roku, rokokowy obraz świętego Mikołaja z XVIII wieku, figury świętych, barokowy krucyfiks z aniołkami z XVIII wieku, późnobarokowy krzyż procesyjny, posąg Chrystusa Zmartwychwstałego, obrazy z bocznych ołtarzy). W starej zabytkowej świątyni do dziś zachowały się między innymi rokokowa ambona, barokowa chrzcielnica marmurowa z XVII wieku, późnobarokowe dwa konfesjonały i czternaście ławek.

Kult obrazu Matki Bożej Dziekanowskiej rozpoczął się w XVII wieku a o uzyskanych za sprawą Czcigodnego Wizerunku łaskach świadczą liczne wota, chorągwie brackie, sznury korali, srebrne sukienki i korony. Jest to wizerunek Matki Bożej trzymającej na lewym ramieniu Dzieciątko Jezus, namalowany na płótnie przez nieznanego artystę ze szkoły krakowskiej w typie Matki Bożej Piekarskiej z elementami Matki Bożej Piaskowej (głowa Matki Bożej schylona do Dzieciątka). Na obrazie Matka Boża z ciemnymi, promieniującymi głębokim zamyśleniem i miłością, oczami, prawą dłonią wskazuje na Jezusa, który delikatnie uśmiecha się i z miłością patrzy w kierunku Matki wyciągając jednocześnie prawą rękę w geście błogosławieństwa, w lewej trzymając kulę zwieńczoną krzyżykiem. W 1943 roku Stolica Apostolska nadała wizerunkowi Matki Bożej Dziekanowskiej tytuł Macierzyństwa Najświętszej Maryi Panny. W 1991 roku podczas pielgrzymki do Polski, Ojciec Święty Jan Paweł II poświęcił Korony dla Matki Bożej Dziekanowskiej a Cudowny Wizerunek w tym samym roku koronował ksiądz kardynał Franciszek Macharski.

Obok kościoła znajduje się XVIII-wieczna, drewniana dzwonnica o konstrukcji słupowej, pochyłych ścianach i dachu namiotowym pokrytym gontem z trzema dzwonami, w tym zabytkowym dzwonem świętego Walentego z ciekawym napisem łacińskim „Non Germanus me fecit 1765” (Nie Niemiec mnie wykonał 1765) oraz cmentarz przykościelny pochodzący prawdopodobnie z tego samego okresu co kościół.

Główny odpust w sanktuarium przypada na Święto Macierzyństwa Najświętszej Maryi Panny w pierwszą niedzielę po 11 października. Inne odpusty obchodzone są 22 lipca w święto świętej Marii Magdaleny i 6 grudnia w dzień świętego Mikołaja.