Pierwsza wzmianka o kościele parafialnym w Krzyżanowicach pochodzi z 1250 roku i wiąże się z relacją o cudach świętego Stanisława. Istnieją informacje z początku XV wieku mówiące o drewnianym kościele pod wezwaniem św. Ducha. Kościół ten miał być bogato uposażony rolami, łąkami, ogrodami, dochodami z przewozu przez Rabę, wolnym połowem ryb, młynem i dwoma karczmami. Przy kościele znajdowała się szkoła, w której uczył dzieci Jan Kwiatek z Rzezawy. Drewniany kościół św. Ducha przetrwał do końca XVIII wieku, kiedy to prawdopodobnie spłonął. Obecny kościół pod wezwaniem św. Joachima został zbudowany w 1746 roku w Bochni jako kościół klasztorny tamtejszego zakonu bernardynów. Po kasacie klasztoru budynek został sprzedany na licytacji bocheńskim władzom miejskim w 1793 roku. Ale już rok później dokładnie odbudowano go w Krzyżanowicach, należących wtedy do Bochni. Prosta, lecz pełna uroku świątynia jest konstrukcji zrębowej, jednonawowa z prostokątnym prezbiterium.

W kościele znajdują się trzy ołtarze. W ołtarzu głównym umieszczono płaskorzeźbę patrona świątyni. Lewy boczny ołtarz jest w stylu klasycystycznym z końca XIX wieku z płaskorzeźbą Najświętszego Serca Pana Jezusa. Prawy boczny ołtarz, również klasycystyczny, mieści obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem z końca XVIII wieku. Najstarszym zabytkiem jest kamienna chrzcielnica z pierwszej połowy XVI wieku.

Przy kościele znajduje się wolnostojąca drewniana dzwonnica, która została przeniesiona wraz z kościołem w 1794 roku.

Obiekt znajduje się na Szlaku Architektury Drewnianej.