Pierwsza wzmianka o drewnianym kościele pochodzi z 1229 roku. Murowaną świątynię romańską wybudowano przed 1290 rokiem. Natomiast w latach 1333–1370 z fundacji mieszczan na jej miejscu zbudowano kamienno-ceglany gotycki kościół. Po poważnym uszkodzeniu przez trzęsienie ziemi w 1782 roku, został rozebrany do fundamentów w 1786 roku. Pozostawiono część murów prezbiterium, kaplicę Morsztynów z XVII wieku ze stiukami Baltazara Fontany z 1693 roku i wolnostojącą dzwonnicę z 1699 roku, fundacji Jana III Sobieskiego po zwycięstwie wiedeńskim, projektu Marcina Pellegriniego. Nowy kościół na starych fundamentach stanął w latach 1804–1806 w stylu baroku józefińskiego. W 1808 roku prace wykończeniowe wstrzymały działania wojsk Napoleona. Ostatecznie kościół ukończono w 1816 roku. Dziś świątynia jest w kształcie z XIX wieku. Wewnątrz zachwycają ołtarze. Najstarszą częścią jest gotycka kaplica Morsztynów z XVII wieku. W krypcie znajduje się wystawa złotnictwa z monstrancją z 1490 roku i późnogotyckimi rzeźbami z XV wieku. Dzwonnicę fundacji Jana III Sobieskiego z 1698 roku, zniszczoną w czasie pożaru, odbudowano w 1754 roku, według projektu Marcina Pellegriniego. Odbudowano ją też po kolejnym pożarze w 1877 roku. W 1924 roku przy murze świątyni na cokole kolumnowym postawiono figurę świętego Floriana.

W latach 2001–2012 kościół gruntownie wyremontowano. Odnowiono elewacje i polichromie. Restauracji poddano posadzki, ołtarze, obrazy i organy. Wyremontowano zakrystię, bibliotekę, klatkę schodową na chór, kaplicę Morsztynów, wikarówkę i dzwonnicę.