Według legendy zatrzymał się tu na odpoczynek święty Wojciech. Początki klasztoru sięgają 1200 roku. Ufundował go w 1228 roku Klemens z Brzeźnicy z rodu Gryfitów, którego córka była pierwszą ksienią klasztoru. Jednonawowy, ceglany kościół rozbudowano w 1238 roku. Był on najstarszą halową, gotycką świątynią w kraju. Drewniane i kamienne zabudowania klasztoru spłonęły w 1530 roku razem z całą biblioteką. Zespół odbudowano w stylu barokowym w latach 1619–1649, staraniem ksieni Anny Cecylii Trzcińskiej. Szczególny rozkwit opactwa miał miejsce w XVII wieku, kiedy mieszkało w nim ponad 50 zakonnic. Opactwo zostało zniszczone podczas najazdu szwedzkiego. W XVIII wieku, w zaborze austriackim zakon uniknął kasacji, gdyż mniszki prowadziły w nim szkołę dla dziewcząt i dzieci wiejskich, działającą przez cały XIX wiek. Po drugiej wojnie światowej władze PRL skasowały szkołę, odebrały zakonowi resztę należącej do niego ziemi i czasowo w latach 1954–1956 przesiedliły zgromadzenie do klasztoru w Alwerni. Ani po powrocie sióstr, ani po zmianie ustroju szkoła nie została reaktywowana.

W kościele Najświętszej Marii Panny i świętego Wojciecha przechowywany jest cudowny obraz Matki Bożej Bolesnej, zwanej Smętną Dobrodziejką ze Staniątek. To piękne gotyckie malowidło pochodzące z Włoch, w 1924 roku koronował kardynał Sapieha. Są tu też rzeźby Madonn z XIV wieku oraz figura Chrystusa Frasobliwego z XVI wieku z warsztatu Wita Stwosza. W klasztorze działa muzeum i biblioteka z bogatymi zbiorami: ksiąg, dokumentów, rękopisów, starodruków, sprzętów i szat liturgicznych, obrazów, rzeźb czy kolekcją robionych w klasztorze woskowych figurek.

W obrębie murów klasztornych, w budynku dawnej szkoły, znajduje się dom dla gości, można spacerować po zabytkowym ogrodzie zakonnym, oddać się kontemplacji, wypoczywać czy pracować w malowniczym otoczeniu. Dzięki temu goście zostają wprowadzeni w życie mniszek, którego jednym z haseł jest „Ora et labora” – „Módl się i pracuj”. Do dyspozycji gości jest kilka pokoi, można też skorzystać z wyżywienia w klasztornej kuchni.

Najważniejszy odpust odbywa się 15 września i związany jest ze wspomnieniem Matki Bożej Bolesnej. Natomiast 23 kwietnia obchodzone jest wspomnienie świętego Wojciecha, patrona Polski, Czech i Węgier.

Opactwo św. Wojciecha Mniszek Benedyktynek w Staniątkach realizuje od 2018 r. projekt pt. „Wirydarze dziedzictwa benedyktyńskiego” – rewaloryzacja i adaptacja zabytkowych obiektów w Opactwie św. Wojciecha Mniszek Benedyktynek w Staniątkach dofinansowany ze środków Unii Europejskiej w ramach Działania 6.1 Rozwój dziedzictwa kulturowego i naturalnego Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Małopolskiego na lata 2014-2020. Projekt ma na celu stworzenie unikatowej przestrzeni na terenie Opactwa . Przestrzeń ta przeznaczona będzie na cele kulturalne, edukacyjne i społeczne dla lokalnej ludności i turystów. Wartość dofinansowanie UE: 6 832 519,06  zł.
W wyniku realizacji projektu została przeprowadzona przebudowa obiektu tzw. Nowej Szkoły i powstał łącznik z tzw. Boligłowką. Obecnie Opactwo realizuje ostatni etap projektu związany z realizacją prac wykończeniowych i zagospodarowania terenu. W wyniku projektu udostępniona zostanie oferta kulturalna, społeczna i edukacyjna bazująca na unikalnej kolekcji zabytków kultury muzycznej, literackiej (w tym rękopiśmiennej), rzeźbiarskiej i malarskiej, zgromadzonej w Klasztorze Mniszek Benedyktynek, jedynej o takim charakterze w regionie. Niezwykle istotnym aspektem przedsięwzięcia jest zabezpieczenie i stworzenie warunków bezpiecznego, zgodnego z najwyższymi standardami konserwatorskimi, przechowywania unikalnych obiektów z kolekcji staniąteckiej. Projekt w zasadniczym stopniu podniesie atrakcyjność Opactwa w Staniątkach oraz umożliwi mu rozwinięcie dotychczas bardzo ograniczonej działalności kulturowej, w tym wystawienniczej. Będzie dawał również pełniejszą możliwość realizowania wartościowych programów edukacyjnych i programów kształcenia poza formalnego, dostosowanych do potrzeb różnych grup wiekowych. Realizacja tych zadań była zawsze bardzo istotna dla Mniszek Benedyktynek.

Wizualizacje: https://www.benedyktynki.eu/opactwo1/wirydarze/