Cerkiew jest przykładem zachodniołemkowskiej architektury cerkiewnej o wydłużonym układzie trójdzielnym, ścianami w konstrukcji zrębowej i dachem pokrytym gontem. Izbicowa wieża dostawiona jest do babińca i otoczona zachatami. Ściany obiektu są obite gontem, zaś izbica została pionowo oszalowana. Poszczególne części budynku nakryte są dachami blaszanymi,  przedsionek i prezbiterium pokrywa dach kalenicowy, zaś nawę namiotowy. Dachy wieńczą makowice z pozornymi latarniami i żelaznymi krzyżami.

Wnętrze zdobi polichromia ornamentalno-figuralna z 1861 roku. Wśród ikon prawie kompletnego barokowego ikonostasu znajduje się Chrystus Dobry Pasterz z 1775 roku, ikony świętego Mikołaja i Chrystusa Nauczającego oraz Chrystusa w Grobie. Barokowo-klasycystyczny ołtarz główny pochodzi z pierwszej połowy XIX wieku, a dwa późnobarokowe ołtarze boczne z około połowy XIX wieku.

Dawną cerkiew, która dziś jest kościołem rzymskokatolickim, otacza drewniane ogrodzenie. Do wejścia cerkwi prowadzi drewniana brama-dzwonnica z początku XX wieku. Zrobiona jest z drewna o konstrukcji słupowej. Wewnątrz bramy znajduje się dzwon, ufundowany przez mieszkańców z okazji setnej rocznicy objawienia w Lourdes. Pierwszy raz zadzwonił w 1958 roku.

Cerkiew w Jastrzębiku znajduje się na Szlaku Architektury Drewnianej w Małopolsce.