Wznosząca się nad Wisłą bazylika świętego Michała Archanioła i świętego Stanisława Biskupa, to jedna z ważniejszych świątyń w historii Polski. Tu z rozkazu Bolesława Śmiałego zamordowano biskupa krakowskiego Stanisława ze Szczepanowa. Krakowska „Skałka” była świadkiem wielu uroczystości, przybywali tu królowie i książęta oraz wielu pielgrzymów z całego świata, a kult świętego Stanisława stawał się coraz popularniejszy. Dlatego utworzono tu Sanktuarium Męczeństwa świętego Stanisława.

Zgodnie z życzeniem fundatora i dobrodzieja klasztoru Jana Długosza, pochowano go „na Skałce” w pobliżu pierwotnego grobu świętego Stanisława. Jednonawową kryptę krytą kolebkowym sklepieniem, częściowo wykutą w skale pod kościołem, ukończono w 1792 roku. Przebudowano ją z przeznaczeniem na miejsce dla Grobów Zasłużonych, z głębokimi niszami pod przęsłami naw bocznych. W prezbiterium obok krypty, krytym kolebkowym sklepieniem o obniżonym łuku, oddzielonym od nawy gurtem wspartym na neoromańskich kolumnach, znajduje się neoromański ołtarz projektu Tomasza Prylińskiego. Na łuku sklepienia umieszczono łaciński napis – Credo, quod Redemptor meus vivit, co oznacza – Wierzę, że mój Odkupiciel żyje. W ścianie głównej znajduje się witraż z Matką Boską Częstochowską, projektu Adama Bunscha.

Od 1880 roku w krypcie odbywają się pochówki zasłużonych dla Polski i Krakowa, a pomysłodawcą jej utworzenia był profesor Uniwersytetu Jagiellońskiego Józef Łepkowski. Pierwsze złożono tu szczątki Jana Długosza. W Panteonie Narodowym grobowce mają: Wincenty Pol, Józef Ignacy Kraszewski, Lucjan Siemieński, Teofil Lenartowicz, Adam Asnyk, Henryk Siemiradzki, Stanisław Wyspiański, Jacek Malczewski, Karol Szymanowski, Ludwik Solski, Tadeusz Banachiewicz i Czesław Miłosz.

W 1901 roku sarkofagi Pola i Siemieńskiego zaprojektował Karol Knaus, autor kolejnych grobowców Lenartowicza, Asnyka i Siemiradzkiego. Sarkofag Wyspiańskiego wykonał Jan Rzymkowski, a nagrobek Malczewskiego jest dziełem Stanisława Popławskiego. Sarkofag Szymanowskiego powstał według projektu Stefana Strojka, a Solskiego według projektu Fryderyka Totha. Natomiast grób Banachiewicza wykonał Franciszek Łuczywo. W krypcie w 1989 roku umieszczono tablicę upamiętniającą profesora Aleksandra Bricknera.