Der Park umfasst den interessantesten Gebirgsbereich – die steilen, emporstrebende Zentralpieninen. Dieses Gebiet stand schon vor dem II. Weltkrieg unter Naturschutz, doch den heutigen Namen trägt der Park erst seit 1954. Steile Berghänge, Felsen, Schluchten und der schöne Dunajec-Durchbruch, der die Bergkette durchschneidet, verleihen der Umgebung einen geheimnisvollen Reiz. Der höchste Gipfel des Nationalparks ist Okrąglica, der im Drei-Kronen-Massiv (982 m ü. d. M.) liegt.Natürliche UmweltKalksteinboden, geomorphologische Vielfalt und die niedrige Höhe der Berge tragen zum Pflanzenreichtum bei. Neben den Buchen- und Tannenwäldern sind blumenbedeckte Wiesen (mit großem Artenreichtum, darunter ein gutes Dutzend Knabenkrautarten) und Felsrasen für dieses Gebiet sehr charakteristisch. Auf den Letzteren sind zwei endemische Gattungen (die nur in den Pieninen auftreten) zu finden: Pieninen-Löwenzahn und Pieninen-Schöterich, sowie die seltene Chrysanthemenart „Dendranthema zawadskii”. Normalerwiese kommt sie nur im mittelasiatischen Raum vor, in Europa ist sie nur im Pieninen-Gebirge zu finden. Charakteristisches Merkmal dieser Berge ist auch die große Tiervielfalt. Es wird geschätzt, dass sich hier die Hälfte aller in Polen auftretenden Gattungen befindet. Die Berge bitten auch Zuflucht für den Uhu, den Schreiadler und den Steinadler. Berühmt und einmalig ist dieses Gebiet jedoch durch seine Landschaften, die im Logo des Nationalparks durch die Darstellung des Dunajec-Flussdurchbruchs festgehalten wurden.